案子由都察院审讯，牛指挥的妻子被一顿毒打，屈认是自己谋杀了丈夫牛指挥。当案卷呈送到大理寺审核的时候，薛瑄明辨其冤，将牛指挥的妻子无罪释放，并准备追查杀人真凶。王山惊惧，便向王振诬告薛瑄忘恩负义，欲陷害自己，以图谋牵连王振。

王振大怒，让人弹劾薛瑄受贿，抓进刑部大狱，论薛瑄死罪。判决出来后，会同刑科三覆奏，兵部侍郎王伟极力为薛瑄辩白，最终皇帝念在薛瑄往日清名，免其死罪，罢黜为民。

薛瑄离京之时，李之郎前往送行。望着已经十七岁的李之郎，薛瑄殷殷嘱咐：“而今奸臣当道，汝只需静心读书，莫急功名；待机会成熟，再入朝为官，报效朝廷。”

其实，薛瑄非常渴望有人能够站出来锄奸扶正，但李之郎毕竟年轻，他也担心万一斗不过王振，可惜了一个大好的苗子。所以思虑良久，还是希望李之郎暂避锋芒，来日方长。

然而，这个锋芒不但没有过去，反而很快便向李之郎凶猛扑来。

六月，国子监祭洒李时勉请改建国子监，皇帝命王振前往视察。李时勉没有以大礼接待王振，王振衔恨，欲寻其过失。不几日，李时勉命人修剪彝伦堂树之旁枝，王振便对属下人说道：李时勉擅伐朝廷的树，挪作私用，且对朝廷大不敬。

说罢，也不禀告皇帝，直接取了中旨，将李时勉与司业赵琬、掌馔金鉴一并带枷桎于国子监门前。时正值盛署，连枷三日而不释。监生李之郎等三千余人诣阙乞求皇上宽贷。李之郎甚至上书愿自己代替老师受刑，国子监诸生会集朝门，呼声响彻朝廷。

王振闻诸生不平，又见了李之郎上书，害怕激起更大的事变，便想寻个台阶下来。谁知他还没来及找到理由，孙太后闻知此事，便将事情告诉了皇上，皇上这个时候才知道所有的事情都是王振所为，便将他召来训斥了一番，立即释放李时勉等人。

自王振被皇帝宠信以来，极少出现自己被皇帝训斥的情况；而且，国子监事件还给王振带来另外一个严重后果，那就是皇帝开始加强对内官的治理。

事情没过去几天，皇帝敕内官内使，道：“你们平日里不遵法度，结党营私，操控刑名，实在太过分了。过去的事情就算了，但从现在开始，必须互相监督，谨遵法度。如果再发现你们不遵祖宗之法，必定严惩不贷！”

训完了内官内使，皇帝又警告外臣，道：“近来在京内外官员，彼此勾连，贪污受贿，任用私人，风宪官也结党营私，隐瞒朝廷，欺君罔上。论罪的话，你们的罪行都无法容忍。现在暂时宽宥你们，但以后一定要改过自新。千万不要畏惧权势，被贿赂所诱惑，也不要只顾争权夺利，因私废公，更不要只知阿谀奉承，妄图侥幸升官。今后若是再发现你们不知悔改，胡作非为，必治以重罪。”

皇帝这两记闷棍打下来，一时之间令王振措手不及，声望大跌。此时此刻，王振不由得暗恨李之郎等人。当他想起皇帝曾许诺让李之郎做内阁首辅，更是下定决心打压李之郎。他可不希望将来为自己树立一个强大的对手，还是趁早将李之郎消灭在萌芽状态。

只是李之郎一向闭门谢客，潜心读书，一时找不到他什么把柄，这份心思只好先隐藏在心底里了。