南方战场却是风云突变了起来，1916年一月十六日，蔡锷所部刘云峰梯团抵达滇川接壤之新场，向川南镇守使伍祥祯部发起进攻。次日,占领四川高县西北之横江。十九日向叙府(今宜宾)西南之安边进攻。第1支队在正面实施佯动，第2支队利用夜暗迂回至安边侧翼，突然发起攻击，伍部向叙府溃逃。护**乘胜追击，二十一日占领叙府。嗣后袁军分四路反攻叙府均被击退。
1916年民国五年一月二十七日，贵州护军使刘显世宣布贵州独立，并派出两路黔军协同云南护**作战。一路由黔军第1团至第3团合编为护**东路支队，王文华任司令，进击湘西。一路由第5、第6团和戴戡所率滇军合编为滇黔联军右翼军，戴任总司令，向四川綦江、重庆一带进攻。二月十三日,戴部抵川黔边境松坎。十四日向川军第1师等部发动进攻，只用了四天便连克綦江以南之东溪、马口垭等地。稍后北洋军军陆续增兵向戴部激烈反攻，戴部相继退守东溪、松坎，与敌对峙。
蔡锷所部赵又新梯团一部与已起义川军刘存厚第2师，于2月初联合向四川泸州发起攻击，一度占领泸州外围蓝田坝、月亮岩等要点。北洋军陆续抵泸后，护**不敌，退守纳溪等地待援。蔡锷根据双方态势，决定采用两翼包围、正面突破战术，以攻势防御消灭袁军。28日开始反击此后连番激战，导致北洋军伤亡惨重，护**亦因弹药不济人员疲惫，分路撤出纳溪至叙蓬溪一带有利地形休整。
之后蔡锷乘北洋军官兵厌战，物资补给极其困难之机，决定集中主要兵力分三路反攻纳溪。担任主攻的右翼赵又新梯团从纳溪以东之白节滩发起进攻，中路顾品珍梯团在正面牵制敌军，左翼刘存厚部攻占江安，保障主力侧翼安全。三个方向上护**均有建树，全线突破北洋军前沿阵地，歼敌一部。护**虽陆续收回失地，然而双方都伤亡甚众，均无力继续作战。
护**黔军王文华所部进抵黔湘边境后，立即分路向湘西北洋军军进攻。第1团于当晚乘湖南晃州城中北洋军欢度旧年除夕之机发起攻击，袁军不备，次日败逃蜈蚣关，黔军趁机进占晃州。
其后。护**王文华部攻克蜈蚣关，歼北洋军军第5混成旅和镇远道守备部队各一部。第3团于三日后克黔阳。然而历史在此有了一个较大的变化。就是黑军远道而来，突然遭到黑龙江陆军的攻击，李德林所部一具攻克黔阳，王文华部3团遭到黑军费朝贵独立骑兵团的突然袭击，死伤过半。而王文华第2团攻占麻阳城外围部分据点，曾两次攻城未果之时，遭到黑军142团与143团的围剿，王文华久经阵战，立即率军撤退，这才未造成巨大损失。
之后。黑军李德林所部共八千余人与两日之后。向王文华部发起猛攻，炮火连天自动武器占优并且士气高昂的黑军的打击下，黔军王文华部弃城逃走，随后黑军连克怀化县，芷江县。晃州县，一举将护**赶出了湖南。随后，根据王茂如的指示，李德林所部撤出该地区，撤回到长沙进行修整。
刘世显与该月在贵州临时征兵，临时征集了三个步兵团支援王文华，同时，其他支持护**的志士也纷纷来到贵州黄平。王文华黔军休整几日之后，继续猛攻湖南。因为黑军的撤离，黔军随即击败北洋军占沅州、攻麻阳城，护国黔军连克洪江、靖县、通道、绥宁等地，击溃北洋军军约3个混成团兵力。
至月底，北洋军向麻阳、黔阳等地发动反攻，遭到护国黔军顽强抗击。然而在得到黑军增援之后，一举攻克黔军阵地，湘西北洋军向贵州发起进攻，双方各战数十场战斗。黑军此时却悄然撤军，由于王茂如遭到弹劾而无奈返回黑龙江。随后刘世显亲自率军，将湖南援军拖在了湘西境内。
护**李烈钧部由昆明向广西开进。在滇桂边境之广南、富宁地区与龙觐光部展开激战。第2军张开儒梯团于富宁东面之皈朝地区击退龙军第1路司令李文富部多次进攻，双方成僵持状态。第2军方声涛梯团与龙军第2路司令黄恩锡部在广南地区激战数日，将黄部击退。
此时，给袁世凯重击的是宁武将军陆荣廷突然通电宣布广西独立。云南护**趁势向龙军发动反攻。与此同时，由云南前出广西截击龙军的第3军赵钟奇梯团进抵西隆,与方声涛梯团夹击黄恩锡部。黄部战败，残部向滇南逃窜。由第3军一部改编的挺进军黄毓成部，此时亦由云南经贵州兴义进抵广西百色，协同桂军包围龙觐光指挥部,并将其全部缴械。李文富见大势已去,率众投降。窜至滇南的龙军第3路龙体乾土匪武装和黄恩锡残部,遭第3军刘祖武等部阻击，部分被歼,部分逃离滇境。
自从黑军撤离南方战场，返回齐齐哈尔之后，护**节节取胜，贵州、广西、广东、浙江、陕西、四川、湖南等省相继宣告独立。帝国主义则因形势变化，责怪袁“断行帝制”。官僚见复辟帝制无望，也竞相离异。
冯国璋，段祺瑞，张勋等北洋将领齐聚南京，商议反对袁世凯。张勋直接不仅拒绝了袁世凯出兵的命令，更提出“四个不忍”话里话外的意思：〖中〗国要皇帝的有现成的，老子何必效忠你这个后冒出来的。
南方战争正酣的时候，袁世凯几次三番想要调动北方军队南下与护**作战，然而通电嚷嚷叫喊支持帝制都能做，真发兵打仗，谁都不愿意了。只有一个王茂如派遣了精锐旅南下平叛，却因为袁世凯听到一些风声，而且北洋政府中有争权夺利之辈趁机弹劾王茂如，便不怎么信任，王茂如只能无奈撤军。黑军在湖南战场的一系列佳绩，也是引得护**震动，蔡锷便这样说，若是北地战神率领大军南下，护国战争结果到底如何，却真是说不清楚。
然而此时，王茂如却遭到袁世凯怀疑，勒令他不许动兵。