此后不久，新见锦也因事故引咎切腹，近藤勇成为唯一局长，试卫馆成员实际掌控了新撰组的主导权。总司成为一番组长、副长助勤，并兼击剑示范。据说他非常喜欢小孩，在京都的时候，经常利用处理队务的间隙，和壬生寺（新撰组屯所）附近的孩子们玩耍。那时候，他不过才二十岁，也许还保有着天真的童心吧，或者是为了补偿孤独童年所遗留的寂寞感……

这种纯真的心性，只为了所热爱的人和门派而奋斗，虽然厌恶却并不畏惧使双手沾满鲜血……因此和月伸宏才会在《浪客剑心》中塑造“天剑”濑田宗次郎的形象吧——那形象的来源，不就是纵横京都时候的冲田总司吗？

元治元年（1864）六月五日夜，三十余名攘夷志士集合于京都一间名为池田屋的小旅馆，商议打倒幕府的计划。因为情报泄漏，新撰组全体集合于八坂神社，由局长近藤亲自带队，奇袭池田屋。这是使新撰组得以名扬天下的战斗，总司手舞爱刀“乞食清光”，冲锋在前。虽然志士中不乏剑道高手，却无人能在他的面前走上三个回合。当场便有七名志士倒在血泊之中，丢了性命——其中包括著名的长州尊王思想家吉田稔磨、肥后志士松田重助和熊本藩兵学教师宫部鼎藏——其余的，都做了俘虏。

恶斗结束，满身都是敌人鲜血的总司，却无缘无故地倒下了。经诊断，他得了在当时算是不治之症的肺结核病。从此，剧烈的咳嗽、呕血和越来越虚弱，就伴随着这位美少年剑士，一步步走向永恒的死亡（同样精于剑术，却因为肺痨而英年早逝的美少年，还有德川幕府初期的田宫坊太郎，这是真正的巧合呢？还是传说所造成的巧合呢？）。

流动的天下局势，并不因为新撰组的努力，而改变其前进方向。幕府势力逐步衰退，倒幕诸藩联合起来，终于掀起了戊辰战争。幕府军放弃京都，向江户方向收缩防线，而新撰组也随同一起向江户撤退。

总司没有逃往江户，他就留在京都附近，和抚养他长大的他的父亲、他的兄长，永远告别了。他是从去年年底开始，病情突然恶化的。不久以后，就被送到乡下千太谷的植木屋平五郎家中静养，在这个山明水秀的地方，度过了一生的最后时光。

伏见·鸟羽战役，幕军全面溃败，而新撰组干部们惊世骇俗的剑术，也根本无法阻挡肩扛火枪的新政府军的前进步伐。最终，近藤勇在甲府战败后，弃械投降，于庆应四年（1868）四月，被判处斩首之刑。土方岁三率领新撰组残部北上虾夷地，于明治二年（1869）新政府军进攻五稜郭的时候，自杀性冲阵，被乱枪击毙。

近藤的死讯，在一个月后传到了总司的耳中。他回想自己的一生，他的一生都在为天然理心流而努力，为新撰组而战斗，为了他的父亲同时也是他的兄长——近藤和土方——得以驰骋于乱世中，而不懈地挥刀斩杀。现在，近藤死了，土方率领残部北上，也势不能持久，新撰组已经完成了它的历史使命，它应该终结了，那么自己的生命呢？自己生命的存在还有什么意义？

五月三十日，冲田总司房良在植木屋的家中，一个人静静地死去了。死后，他被追封为贤光院仁誉明道居士，葬在东京都的专称寺。